Соловецький монастир протягом багатьох років використовувався як місце ізоляції непокірної волі. государя православних ієрархів, єретиків та сектантів. Попадали сюди і політично неблагонадійні, такі як опальний Аверкій Паліцин або декабристам, що співчував, Павло Ганнібал та інші.
на Соловках сидів перший граф Толстой, співправитель Івана Грозного Симеон Бекбулатович, князь Василь Долгорукий, а також численні єретики, сектанти та старообрядці. В'язниця, відома вкрай суворими умовами утримання, була офіційно закрита за Олександра III.
Соловецьке повстання, або Соловецьке сидіння – озброєний опір насельників Спасо-Преображенського Соловецького монастиря з 1668 по 1676 церковним реформам патріарха Никона.
1752 року за «важливу провину» проти царської влади в Соловецьку в'язницю був засланий надовго селянин Василь Щербаков. У Соловецькій в'язниці закінчив своє життя самозванець Тимофій Курдінов, який називав себе принцом Іоанном і намагався викликати народне обурення.